Tiếp đó, Lý Khắc Ninh vẫn duy trì kỷ luật trong quân đội, không ai dám tạo ra xáo trộn. Trong khi đó, các quan lại và tướng sĩ không kính trọng Lý Tồn Úc- khi đó mới 22 tuổi, và họ liên tục bình phẩm. Lý Tồn Úc lo sợ nên đã giao quyền chỉ huy quân đội cho Lý Khắc Ninh, song Lý Khắc Ninh từ chối, nói rằng Tồn Úc mới là người kế nhiệm hợp pháp. Theo ý của Lý Khắc Ninh và Trương Thừa Nghiệp, Lý Tồn Úc xưng là Tấn vương, Hà Đông Tiết độ sứ.[1]

Lý Khắc Dụng có nhiều con nuôi làm quan cho Tấn, nhiều người họ lớn tuổi hơn và có tài năng quân sự hơn Lý Tồn Úc, do đó cũng không phục Lý Tồn Úc. Nhiều người từ chối đến yết kiến, và một số từ chối khấu đầu. Một trong số họ là Lý Tồn Hạo (李存顥) cố gắng thuyết phục Lý Khắc Ninh đoạt lấy quyền chỉ huy, song Lý Khắc Ninh từ chối lời đề nghị và thậm chí còn đe dọa xử tử Lý Tồn Hạo. Tuy nhiên, Lý Tồn Hạo và một số con nuôi của Lý Khắc Dụng đã nhờ vợ đến thuyết phục vợ của Lý Khắc Ninh là Mạnh thị.[1] (Mạnh phu nhân là em gái của Mạnh Tri Tường, nguyên là quan của Tấn và sau trở thành hoàng đế khai quốc của Hậu Thục.[11]) Mạnh phu nhân thuận theo và bà thúc giục Lý Khắc Ninh, khiến quyết tâm của Lý Khắc Ninh lay chuyển. Hơn nữa, ông cũng bất đồng quan điểm với Trương Thừa Nghiệp và Lý Tồn Chương, thường xuyên xảy ra tranh luận. Sau đó, Lý Khắc Ninh giết chết Đô ngu hậu Lý Tồn Chất (李存質), mà không được sự chấp thuận của Lý Tồn Úc. Ông cũng yêu cầu được giữ chức Tiết độ sứ Đại Đồng và được Lý Tồn Úc chấp thuận.[1]

Mặc dù vậy, Lý Tồn Hạo sau đó lên kế hoạch cụ thể, được Lý Khắc Ninh chấp thuận không chính thức, theo đó sẽ bắt Lý Tồn Úc khi Tồn Úc đến phủ của Lý Khắc Ninh, rồi giải Lý Tồn Úc và mẹ là Tào thái phu nhân đến chỗ hoàng đế Hậu Lương, đoạt lấy Hà Đông. Lý Khắc Ninh gặp Sử Kính Dung (史敬鎔) để thuyết phục người này tham gia vào âm mưu và giám sát Lý Tồn Úc. Sử Kính Dung giả bộ chấp thuận, song sau đó đã báo lại cho Lý Tồn Úc. Lý Tồn Úc gặp Tào thái phu nhân và Trương Thừa Nghiệp, thoạt đầu Tồn Úc muốn từ nhiệm để tránh xung đột, song Trương Thừa Nghiệp đã thuyết phục Tồn Úc chống lại chú mình. Trương Thừa Nghiệp cũng lệnh cho Lý Tồn Chương, Ngô Củng, Lý Tồn Kính (李存敬) và Chu Thủ Ân (朱守殷) chuẩn bị chống lại Lý Khắc Ninh.[1]

Vào ngày 25 tháng 3 năm 908,[2] Lý Tồn Úc tổ chức tiệc trong phủ của mình, tất cả quan lại cao cấp đều đến tham dự. Tuy nhiên, Lý Tồn Úc đã cho binh sĩ phục kích từ trước, và trong bữa tiệc, họ đã tiến ra bắt giữ Lý Khắc Ninh và Lý Tồn Hạo. Lý Tồn Úc khóc lóc, nói với Lý Khắc Ninh:[1]

Cháu ban đầu đã nhượng quân phủ cho chú, chú không nỡ bỏ di mệnh của tiên nhân. Nay, sự đã định, sao lại nỡ lòng đem me con cháu trao cho lũ hổ sói, chú sao lại nhẫm tâm làm vậy?

Lý Khắc Ninh rới nước mắt đối lại:[1]

Đó đều là do lũ xàm phu ly gián, ta nói được gì đây?

Hôm đó, Lý Tồn Úc xử tử Lý Khắc Ninh và Lý Tồn Hạo.[1]